Gedung UNY Kampus Wates yang dipergunakan untuk kegiatan belajar mengajar saat ini adalah bekas gedung SGO (Sekolah Guru Olahraga). SGO dibekukan oleh pemerintah sejak tahun 1992 dan juga sekolah-sekolah yang hanya mempunyai jurusan pendidikan tanpa jurusan lain diserahkan ke IKIP (nama UNY pada saat itu) termasuk SGO Bantul dan SGO Wates.

Awal penggunaan gedung ini dimulai bulan Agustus 2000 dengan jumlah Fakultas 3 yakni Fakultas Teknik, Fakultas Ilmu Sosial dan Fakultas Ilmu Keolahraaan yang memiliki 11 prodi Diploma 3 yakni D3 Teknik Mesin, D3 Teknik Otomotif, D3 Teknik Elektro, D3 Teknik Elektronika, D3 Teknik Sipil, D3 Tata Boga, D3 Tata Busana (FT), D3 Sekretari, D3 Akuntansi, D3 Pemasaran (FIS), D3 Penjas (FIK).

Pada tahun 2001 Semua prodi Fakultas Teknik dipidah ke Karangmalang dikarenakan untuk mempermudah kegiatan praktik mahasiswa dan untuk Prodi D3 Penjas diganti prodi S1 PJKR.. Tahun 2005 S1 PJKR dipindah ke Kampus Karangmalang, kemudian Wates di buka Prodi D2 PGSD Penjas FIK dan D2 PGSD Kelas FIP.

Mulai Tahun 2006 FIP membuka Prodi S1 PGSD, kemudian di tahun berikutnya yakni 2007 D2 PGSD ditiadakan. Untuk FIK mulai tahun 2009 program D2 PGSD Penjas diganti program S1 PGSD Penjas. Dan untuk menampung mahasiswa lulusan D2 yang hendak melanjutkan studi ke jenjang S1 maka dibuka juga PKS ( Program Kelanjutan Studi) S1 Penjas.

Hingga saat ini Fakultas dan Prodi yang diselenggarakan di UNY Kampus Wates ada 3 Fakultas dan 5 Prodi :