Sejarah Fakultas Vokasi UNY Kampus Kulon Progo diawali dari pengalihan fungsi gedung Sekolah Guru Olahraga (SGO) yang berlokasi di Dusun Serut, Kalurahan Pengasih, Kapanewon Pengasih, Kabupaten Kulon Progo. Kompleks gedung yang sebelumnya telah dibekukan pemerintah sejak tahun 1992 ini resmi dialihfungsikan pada tahun 2000 untuk dikelola oleh IKIP Yogyakarta (sebelum bertransformasi menjadi UNY).

Pada awal berdirinya, Kampus Wates menyelenggarakan 11 Program Studi Diploma Tiga (D3) dari Fakultas Teknik (D3 Teknik Mesin, Otomotif, Elektro, Elektronika, Sipil, Tata Boga, Busana), Fakultas Ilmu Sosial (D3 Sekretari, Akuntansi, Pemasaran), dan Fakultas Ilmu Keolahragaan (D3 Penjas). Pada tahun 2001, program studi FT dipindahkan ke Karangmalang untuk mengoptimalkan praktikum mahasiswa, sementara D3 Penjas ditingkatkan menjadi S1 PJKR.

Perkembangan berlanjut pada tahun 2005 hingga 2009 dengan dibukanya D2 PGSD Penjas (FIK) dan D2 PGSD Kelas (FIP) di Kampus Wates, yang kemudian ditingkatkan menjadi jenjang S1 PGSD Penjas serta Program Kelanjutan Studi (PKS) S1 Pendidikan Jasmani.

Pada tahun 2019, seluruh program studi Diploma Tiga (D3) pada Fakultas Ekonomi dan Fakultas Teknik secara strategis ditingkatkan menjadi Program Studi Sarjana Terapan (D4). Langkah besar ini diambil guna menyesuaikan kurikulum vokasi dengan kompetensi praktis dunia kerja dan industri terapan modern. Pelaksanaan perkuliahan diselenggarakan di Kampus Wates dan Kampus Gunungkidul.

Puncaknya pada tahun 2023, UNY Kampus Wates secara resmi bertransformasi dan berdiri mandiri sebagai Fakultas Vokasi UNY. Fakultas Vokasi menaungi 14 Program Studi Sarjana Terapan (D4) dari 6 Departemen utama yang berdedikasi melahirkan lulusan vokasi unggul dan relevan dengan industri.

Pendirian Kampus UNY di Kabupaten Gunungkidul merupakan wujud sinergi strategis dan gagasan bersama antara Rektor UNY, Prof. Dr. Sutrisno Wibawa, M.Pd. dengan Bupati Gunungkidul, Hj. Badingah, S.Sos. Kampus ini berlokasi di Dusun Kepuh, Desa Pacarejo, Kecamatan Semanu, Kabupaten Gunungkidul. Peletakan batu pertama (Ground Breaking) dilaksanakan pada hari Jumat, 21 Februari 2019 dengan dihadiri jajaran pimpinan universitas dan daerah.

Pembangunan gedung kampus berlantai empat yang dilengkapi area parkir serta fasilitas modern selesai dalam kurun waktu satu tahun, lalu diresmikan secara akbar pada hari Senin, 31 Agustus 2020 oleh Rektor UNY dan Bupati Gunungkidul. Perkuliahan pertama dilaksanakan pada tanggal 1 September 2020 secara daring akibat pandemi Covid-19.

Pada tahun pertama operasinya, UNY Kampus Gunungkidul membuka 6 Program Studi Sarjana Terapan (D4 Vokasi), yaitu: Tata Busana, Tata Boga, Elektronika, Administrasi Perkantoran, Akuntansi Publik, dan Ekonomi Digital. Antusiasme masyarakat sangat tinggi di mana tercatat sebanyak 1.147 pendaftar dari 13 provinsi memperebutkan 375 kuota mahasiswa baru yang diterima.

Untuk menjalankan kegiatan akademik dan operasional kampus, dibentuk struktur pengelola yang dipimpin oleh Dr. Slamet Suyanto, M.Ed. (Ketua Pengelola) dan Dr. Sutopo, M.T., S.Pd. (Sekretaris Pengelola), didukung oleh 4 tenaga kependidikan serta 17 dosen pengajar di bawah bimbingan dosen senior Fakultas Teknik dan Fakultas Ekonomi UNY.